Permainan berlatar belakang di sebuah kerajaan bernama Scarlet Moon Empire yang berada di daerah Toran. Kerajaan ini diperintah oleh Barbarossa Rugner. Tokoh utama game ini adalah Tir McDohl (nama resmi yang diberikan untuk novelnya, nama resmi gamenya adalah McDohl), putra dari Teo McDohl yang merupakan salah satu jenderal besar di kerajaan Scarlet Moon. Cerita bermula dari Tir yang telah mengetahui tentang ketidak-beresan didalam kekaisaran Scarlet Moon yang salah satu penyebabnya adalah wanita disamping Kaisar Barbarossa, Windy. Tir kemudian memutuskan untuk bergabung dengan suatu kelompok pembebasan yang dianggap oleh kerajaan sebagai kelompok pemberontak. Kelompok pembebasan ini diketuai oleh seorang wanita bernama Odessa, dan disamping Odessa terdapat 2 orang pria sebagai wakilnya yaitu Flik dan Viktor. Tir yang dianggap pengkhianat oleh kerajaan karena memihak kelompok pembebasan ini, kemudian melarikan diri dan bersembunyi di salah satu markas kelompok pembebasan dibawah tanah. Pada suatu waktu markas rahasia ini ketahuan oleh kerajaan Scarlet Moon dan kemudian diserang, pada penyerangan ini menyebabkan ketua dari kelompok pembebasan meninggal, dan sebelum meninggal dia berpesan bahwa Tir McDohl akan ditunjuk sebagai penggantinya. Pada awalnya banyak yang meragukan keputusan ini karena Tir McDohl masih muda, tapi karena pesan terakhir, pada akhirnya semua menerima.
Dalam perjalannnya ditemani beberapa karakter lain yaitu Gremio, Cleo, dan Pahn, Tir bertemu Leknaat, seorang wanita misterius yang memberitahukan bahwa Tir akan menjadi Tenkai Star, pahlawan yang akan memimpin 108 Stars of Destiny dan membawa kedamaian dan kemakmuran baru. Tir kemudian berjuang memimpin pasukan untuk membebaskan daerah Toran dari Scarlet Moon Empire yang telah dikuasai oleh penyihir istana bernama Windy.
Sebagai Tenkai Star, Tir memiliki Rune of Life and Death (Souleater Rune), sebuah True Rune yang memiliki kemampuan mengendalikan nyawa manusia. Tir mendapatkan True Rune ini menjelang teman baiknya, Ted pemilik Souleater Rune sebelumnya, meninggal dunia. Ted meninggal akibat pemburuan yang dilakukan oleh Windy, dimana Windy berusaha untuk merampas Souleater Rune.
Selama menggalang kekuatan, kelompok pembebasan berhasil merekrut ahli strategi bernama Mathiu dari keluarga Silverberg, sebuah keluarga yang sudah terpandang secara generasi ke generasi. Tir dengan berat juga diharuskan melawan ayahnya sendiri, Teo McDohl yang merupakan salah satu dari 6 jendral kerajaan Scarlet Moon. Pada akhirnya Teo McDohl meninggal, dan kesedihan yang dialami Tir membuat kekuatan Soul Eater menjadi lebih kuat. Setelah melalui beberapa peperangan dan berhasil mengalahkan satu per satu jendral perang Scarlet Moon, para jendral yang ditaklukan tersebut kebanyakan bergabung dengan kelompok pembebasan, karena mereka pada dasarnya juga merasa bahwa kerajaan Scarlet Moon telah dikontrol oleh Windy, sedangkan kaisar mereka Barbarossa, tidak bertindak apa-apa membiarkan Windy bertindak sesuka hati. Para jendral itu juga menyadari kalau selama ini mereka dikendalikan oleh black rune, sebuah rune yang diberikan oleh Windy kepada mereka yang dikatakan Windy memberi kekuatan, padahal sebenarnya agar Windy dapat mengedalikan mereka. Pada akhirnya Windy berhasil dikalahkan oleh kelompok pembebasan yang telah dibantu oleh Leknaat, Luc, pasukan Ksatria Naga, Mathiu, Leon, dan lainnya. Barbarossa dan Windy yang telah dikalahkan kemudian melompat dari atas Kastil dan keberadaan mereka tidak diketahui tetapi banyak yang beranggapan bahwa mereka telah meninggal.
Suikoden 2
Cerita seputar pangeran sebuah negara kerajaan Highland yang bernama Luca Blight ingin menghancurkan beberapa wilayah negara Jowston, terutama kota Muse. Luca Blight mempunyai pengalaman masa kecil yang buruk dan pahit sehingga merubah sifatnya menjadi kejam dan dingin. Salah satu cara untuk membuat peperangan antara negaranya Highland dan Jowston berperang adalah dengan teknik adu domba, dimana Luca Blight menyerang salahsatu kelompok Brigadir Muda Highland dan menumpahkan kesalahan itu ke Jowston, sehingga kemudian Highland menyerang satu per satu kota utama Jowston mulai dari Muse, Greenhill, Two River, Tinto, Matilda, dan Southwindow. Luca Blight juga membakar desa Toto, Ryube, dan benteng-benteng Jowston.
Diantara kelompok Brigadir Muda Highland terdapat 2 pemuda yang bernama Riou dan Jowy, yang dimana Riou adalah pemeran utama dalam permainan ini. Kedua orang ini berumur antara 15-17 tahun dan merupakan sahabat baik karena dibesarkan bersama. Riou adalah seorang anak yatim dan dibesarkan oleh seseorang yang dianggap sebagai kakek angkatnya, Genkaku. Riou dibesarkan oleh Genkaku bersama dengan seorang wanita bernama Nanami yang dianggap sebagai kakak perempuan oleh Riou. Setelah penyerangan Luca ke kelompok Brigadir Muda Highland, Riou dan Jowy berhasil melarikan diri dengan melompat melalui tebing di daerah Tenzan Pass.
Setelah mereka melompat, Riou pingsan dan setelah bangun dari sadar, dia menyadari dirinya sedang berada didaerah Jowston dan kemudian ditangkap oleh pasukan Jowston, sedangkan Jowy diselamatkan oleh seorang anak kecil yang bernama Pilika yang berasal dari desa Toto. Jowy berhasil menyelamatkan Riou yang ditangkap oleh pasukan Jowston dan kembali ke kampung halaman mereka di Kyaro dan bertemu dengan Nanami. Tetapi pasukan Rowd (salah satu anak buah Luca) datang untuk menangkap mereka, disaat itu pasukan Flik dan Viktor dari Jowston datang dan menyelamatkan mereka. Setelah mengetahui bahwa Luca sendiri yang berada dibalik ambisius ini, Riou dan Jowy menyadarinya dan bergabung dengan Jowston. Mereka kemudian mendengar berita bahwa pasukan Highland telah membakar desa Toto dan Ryube, dan Pilika seorang anak kecil yang menyelamatkan Jowy dulu, telah kehilangan suaranya akibat trauma karena kedua orang tuanya dibunuh oleh pasukan Highland.
Saat di Toto, Riou dan Jowy bertemu dengan seorang wanita misterius yang bernama Leknaat dan mengatakan bahwa takdir telah memutuskan bahwa mereka berdua harus menerima pecahan Rune of Beginning, rune itu terbagi 2, yang satu bernama Bright Shield Rune diambil oleh Riou, dan yang lain bernama Black Sword Rune diambil oleh Jowy. Bersama dengan Flik dan Viktor, mereka menuju ke beberapa daerah untuk menginformasikan tentang ambisi Luca, dan akhirnya mereka sampai ke sebuah daerah yang telah hancur bernama North Window, kota ini telah dihancurkan oleh Vampir bernama Neclord. Kota ini lah yang kemudian menjadi markas utama dari Riou untuk menggalang kekuatan.
Pada awalnya pasukan jowston sangat lemah dan sering dikalahkan, tetapi setelah mereka berhasil merekrut seorang ahli strategi bernama Shu, kemudian keadaan berbalik, ditambah lagi semua pasukan dari kota-kota utama Jowston bersatu. Pada akhirnya Jowston berhasil mengalahkan Highland melalui penyerangan ke ibukota Highland, L`Renouille. Dan kemudian negara Highland jatuh dan menjadi salah satu bagian dari kota utama Jowston, tetapi disaat itu juga kota utama lainnya, Tinto, menyatakan diri untuk berpisah dengan Jowston dan membentuk negara sendiri dengan nama Republik Tinto. Kerajaan Jowston kemudian berganti nama menjadi Republik Dunan.
Suikoden 3
Suikoden III menceritakan tentang sekelompok orang kuat yang berusaha untuk merebut 5 True Rune yang berunsur alam. Dan dalam menjalankan rencananya itu, kelompok tersebut berhasil mengendalikan Harmonia, salah satu negara adikuasa, untuk berperang dengan negara Federasi Zexen dan negara rimba Grassland, akibatnya ketiga negara itu saling bermusuhan. Dengan adanya peperangan ini, semua true rune akan semakin mudah dideteksi keberadaannya dan kemudian dapat direbut satu per satu. Luc, pemimpin kelompok tersebut, telah memiliki True Wind Rune. Dia dibantu oleh Sarah, dan Yuber yang dikatakan bukan manusia asli. Luc dengan dibantu oleh Albert Silverberg berhasil menguasai sebagian besar pasukan Harmonia untuk dikendalikan. Ketua Bishop dari Harmonia yaitu Sasarai, dikatakan mempunyai hubungan khusus dengan Luc, mereka dilahirkan berasal dari sumber yang sama dan tidak melalui proses yang sama seperti manusia pada umumnya. Dikatakan mereka itu diciptakan dan bukan dilahirkan, dan mereka diciptakan oleh Hikuusak, salah satu pendiri negara suci Harmonia yang melegenda dan tidak diketahui jejaknya lagi.
Luc memiliki suatu pengetahuan khusus dalam merebut setiap true rune alami, dengan cara menggunakan 2 true rune tertentu untuk merebut lainnya, dikatakan cara ini didapat Luc dari klan Sindar, suatu klan legendaris yang menghilang. Tujuan Luc untuk mengumpulkan semua 5 true rune alami adalah untuk mengubah takdir karena dia merasa dunia ini terlalu dikendalikan oleh True Rune dan dunia dianggap sebagai penjara bagi manusia karena berada dibawah True Rune, jadi 5 true rune itu dikumpulkan dan kemudian dengan melalui ritual tertentu akan dihancurkan, biarpun kehancurkan ke-5 true rune ini dikatakan akan membuat rata sebagian dunia karena kekuatannya, sebagai contoh salah satu true rune yaitu True Fire Rune, sewaktu lepas kendali kekuatannya mampu membunuh puluhan ribu orang harmonia dan grassland yang berada disana dan meratakan seperempat daerah Grassland, yang akhirnya mengakibatkan gencatan senjata antara Grassland dan Harmonia yang saat itu sedang terlibat perang. Luc juga mendapat berbagai informasi tentang true rune melalui perpustakaan paling lengkap yang berada di daerah Crystal Valley, Harmonia.
Pada awalnya Suikoden III terbagi menjadi 3 bagian cerita, masing-masing bagian menceritakan tentang seorang pemeran utama dari masing-masing 3 negara tersebut; Hugo dari Grassland, Chris Lightfellow yang seorang prajurit perang wanita dari Zexen, dan Geddoe anggota salah satu pasukan pertahanan selatan dari Harmonia, pada akhirnya mereka bertiga bergabung dengan Thomas karena dia bisa menjadi penengah ketiganya dan daerah yang dikuasainya juga merupakan daerah netral. Selain 6 klan dari Grassland (klan bebek, reptil, chisha, karaya, Alma Kinan, dll), negara Zexen, dan kelompok-kelompok dari Harmonia bergabung, ikut bergabung juga Le Buque yang sebelumnya dijajah oleh Harmonia, utusan negara Tinto, dan pasukan bebas Kamaro dari daerah utara Grassland untuk melawan pasukan kelompok Luc yang telah mengendalikan sebagian besar pasukan Harmonia. Kelompok Luc ini pada akhirnya berhasil dikalahkan dan Luc, Sarah meninggal dunia, tetapi Yuber menghilang.
Suikoden 4
Menceritakan tentang sebuah negara yang bernama Kekaisaran Kooluk ingin menginvasi suatu negara kecil yang terdiri dari gabungan pulau-pulau dan kerajaan, Island Nations. Kerajaan terkuat di Island Nations adalah Obel, yang dikepalai oleh Lino en Kuldes. Obel juga merupakan tempat istirahatnya salah satu True Rune yaitu “Rune of Punishment”, suatu true rune yang memberikan kekuatan besar kepada pemegangnya, tetapi juga selalu mennghisap nyawa pemiliknya sedikit demi sedikit, true rune ini pernah dimiliki oleh banyak orang, salah satunya adalah Ratu Obel. Ratu Obel pernah menggunakan kekuatan penuh dari rune of punishment ini untuk menghalau para pembajak laut yang menyerang mereka, setelah mengeluarkan kekuatan penuh dari rune of punishment, kemudian Ratu Obel meninggal. Satu per satu pulau dikuasai oleh Kooluk, mulai dari Na-Nal (pulau yang dihuni oleh manusia dan peri), Razril, Obel, dan Kooluk juga menghancurkan pulau Illuya dengan kekuatan rune cannon, yang kemudian illuya digunakan sebagai markas militer bagi Kooluk.
Rune of Punisment nantinya akan menjadi milik pemeran utama dalam seri Suikoden IV ini, pemeran utama Suikoden IV mempunyai nama resmi Lazlo. Dia adalah seorang anak yatim yang ditemukan oleh penduduk di sekitar aliran sungai. Sewaktu Lazlo berada di Obel, pulau ini diserang oleh Kooluk, Lazlo dan raja dari negara itu, Lino en Kuldes berhasil melarikan diri, kemudian mereka berhasil mengumpulkan satu demi satu kekuatan masing-masing pulau dan membentuk aliansi kuat dan menyerang balik kerajaan Kooluk. Dengan bantuan salah satu ahli strategi wanita ternama yang pernah bekerja untuk Kerajaan Scarlet Moon Empire yaitu Elenor Silverberg, kelompok aliansi Lazlo berhasil merebut kembali satu per satu pulau dan mengusir Kooluk dari wilayah Island Nations, serta menghancurkan benteng pertahanan Kooluk, yaitu benteng El-Eal. Setelah mengalahkan Kooluk, pulau-pulau tersebut kemudian membentuk sebuah federasi negara baru yaitu Federasi Island Nations, dengan tambahan pulau Razril yang sebelumnya merupakan milik negara Gaien.
Suikoden 5
Bercerita tentang sebuah negara Falena, sebuah negara keratuan yang dipimpin oleh seorang ratu bernama Arshtat Falenas. Ratu ini memiliki salah satu dari 27 True Rune yaitu Sun Rune. Didalam negara ini selain kerajaan, terdapat juga 2 kelompok fraksi besar yang memainkan peranan penting, yaitu Godwin dan Barows. Keduanya memiliki misi dan visi berbeda dengan kerajaan, sehingga terjadi 3 persengketaan politik yang bertentangan antara pihak kerajaan Falena, Godwin, dan Barows. Sun Rune juga merupakan salah satu pembahasan penting di Suikoden V, bersama dengan turunan rune dari Sun Rune, Dawn Rune dan Twilight Rune. Nantinya pemeran utama Suikoden V akan memiliki salah satu dari turunan Sun Rune. Pemeran utama Suikoden V adalah anak dari ratu Arshtat, seorang pangeran Falena, Freyjadour Falenas, yang berumur belasan tahun, dia mempunyai adik perempuan bernama Lymselia Falenas, yang dikatakan bakal menjadi penerus ratu Falena selanjutnya.
Keadaan semakin tegang salah satu diantara dua fraksi besar kelompok tersebut menyerang Istana Timur Falena dan merampas salah satu turunan dari Sun Rune yaitu Dawn Rune. Tidak ada yang mengetahui bahwa serangan itu dibuat oleh salah satu fraksi dan sengaja mengkambing-hitamkan ke pihak rakyat Lordlake. Hal ini membuat ratu Arshtat marah dan kemudian dengan menggunakan kekuatan Sun Rune menghancurkan kota Lordlake yang dianggapnya sebagai pemberontak. Kota Lordlake yang telah hancur tersebut kemudian susah untuk dibangun ulang karena efek dari Sun Rune membuat kota itu gersang, dan berkabut yang menyebabkan sumber penyakit. Setelah menggunakan kekuatan Sun Rune, ratu Arshtat semakin susah untuk mengontrol diri sendiri dan semakin dikendalikan oleh kekuatan Sun Rune.
Fraksi Godwin suatu waktu mengadakan kudeta dan menyerang istana, pemimpin Godwin yaitu Marscal Godwin dan Gizel Godwin berhasil menguasai Istana Matahari. Ratu Arshtat yang sedang dikepung menggunakan kekuatan Sun Rune, yang tanpa disadarinya juga menyebabkan kematian suaminya, Ferid Egan. Akibatnya, ratu Arshtat yang mengalami kesedihan dan kemarahan semakin menggunakan kekuatan paling besar dari Sun Rune, disaat itu salah satu pengawal elite kerajaan, Queen's Knight, yaitu Georg Prime, membunuh sang Ratu karena kekuatannya itu dapat menghancurkan seluruh kerajaan Falena. Setelah membunuh, Georg Prime berhasil membawa kabur Freyjadour, tetapi gagal menolong putri Lymselia yang sudah tertangkap lebih dulu oleh pihak Godwin.
Pada akhirnya, Freyjadour mengumpulkan satu per satu pasukan, mulai dari prajurit sisa kerajaan yang masih setia, anggota Barows dan Godwin yang memihaknya, rakyat Lordlake, Raftleet, pasukan Naga, Beavers, pasukan dari negara Armes, dan ahli strategi Lucretia membentuk suatu pasukan besar. Kekuatan pasukan baru Freyjadour Falenas akhirnya menang dan mengambil kembali Sun Palace. Putri Lymselia diangkat menjadi ratu selanjutnya menggantikan ibunya. Sun Rune kembali disimpan didalam ruangan khusus di Istana Matahari bersama dengan Dawn Rune dan Twilight Rune.
